Lain Iwakura, una introvertida noia de 14 anys, amb prou feines té relació amb la Xarxa. Per aquest motiu no s'assabenta d'uns e-mails que estan circulant sobre una companya de classe que s'acaba de suïcidar, la Chisa Yomoda. Una setmana després del suïcidi, la Lain rep aquest e-mail de la Chisa: «Voldria que tu, almenys tu, sabessis que segueixo viva. El meu esperit està aquí i a la Xarxa he trobat a Déu.» En rebre-ho, la Lain comença la seva investigació sobre la Xarxa, intentant trobar una explicació a aquest increïble missatge...